JOAQUÍN MURA

Post Doctorado
Centro de Imágenes Biomédicas

2009. Doctor en Ciencias de la Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Chile.
2005. Magíster en Matemática Aplicada, Université Pierre et Marie Curie/École Polytechnique, París, Francia.
2005. Magíster en Ciencias de la Ingeniería, Pontificia Universidad Católica de Chile.
2000. Licenciado en Física, Pontificia Universidad Católica de Chile

Email

jamura(@)uc(.)cl

Líneas de Investigación

Mecánica Computacional (Elementos Finitos)
Elastografía (problemas inversos en elasticidad)
Problemas Multiescalas
Diseño Óptimo
Métodos de curvas de nivel y análisis de sensibilidad de forma

Experiencia Académica y Científica

2016- presente. Investigador en Centro de Imágenes Biomédicas. Pontificia Universidad Católica de Chile
2011-2016.  Profesor Asociado en Escuela de Ingeniería Civil. Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile
Cursos realizados: CIV 212 – Mecánica Dinámica | CIV 371 – Análisis Numérico | CIV 537 –Optimización | CIV 314 – Mecánica de Sólidos.
2014–2014. Jefe de docencia - subrrogante, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile
2011-2013. Jefe de investigación, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile
2009-2011. Investigador Postdoctoral en equipo REO, INRIA Rocquencourt, París, Francia. Modelación, implementación y simulación de un stent-graft como una estructura impermeable insertada en el lúmen de un aneurisma aórtico-abdominal. La modelación fluido-estructura, incluyendo la resolución numérica de problemas de tipo “burbuja”, se llevó a cabo a través del desarrollo de un modelo monolítico y luego de uno particionado (a paso fraccionario), mediante el acoplamiento débil de las ecuaciones de Navier-Stokes y elasticidad no-lineal usando elementos tipo shell. La implementación se realizó al interior del código C++ Mistral.
2001-2002. Asistente de investigación y profesor tiempo parcial en la Academia Politécnica Militar, Chile. Realizando la simulación numérica de la propagación de ondas acústicas alrededor de objetos de geometría compleja y en dominios no-acotados. Cursos realizados: Análisis Numérico, Teoría Electromagnética.

Becas y reconocimientos

2007–2010. Beca Conicyt-Banco Mundial, para estudios de doctorado en Chile.
2006. Beca Dipuc, para estudios de doctorado, Chile.
2004–2005. Beca Île de France, para estudios de master en Francia.
1996. Premio Matrícula de Honor 1996, Facultad de Física PUC, Chile.

Proyectos de Investigación Científica

2012–2015. Investigador Principal Fondecyt de iniciación núm. 11121606: “Modelling and  simulation of wave propagation in poroelastic media:
Application to the identification of poroelastic parameters in soils from seismic waves”.
2012–2015. Investigador Asociado Fondecyt Regular núm. 1130887: “Topologically flexible prior shape knowledge for Level Set segmentations”.
Director de Proyecto: C. Tejos (UC, Chile).
2012–2013. Investigador Principal Cooperación científica internacional Conicyt/DFG núm. 670: “Modelling of poroelastic tissues in magnetic resonance elastography: numerical simulations and parameter estimation”. En conjunto con A. Caiazzo (WIAS, Berlín).
2012.  Investigador Principal Proyecto de iniciación interno PUCV: “Modelación matemática y simulación computacional aplicada al diseño óptimo en medios porosos”
2009–2011. Investigador Postdoctoral Proyecto ENDOCOM, iniciativa TECSCAN y ANR (Francia): “Conception of communicant endoprosthesis dedicated to the post-operatory follow-up of abdominal aortic aneurysms”. Directores de Proyecto: J.-F. Gerbeau & M. Thiriet.
2002–2005. Estudiante graduado Fondecyt Regular núm. 1030480: “Some Theoretical and numerical aspects of the wave propagation complex
phenomena arising in mining and military engineering sciences”. Director de Proyecto: M. Durán.
1999-2000. Estudiante de pregrado Fondecyt Regular núm. 1990429.“Estudio de inestabilidades hidrodinámicas y de algunos problemas matemáticos asociados a su evolución no lineal”. Directores de Proyecto: R.Benguria, M.C.Depassier.

ARTÍCULOS EN REVISTAS CIENTÍFICAS
2018

J. Mura “A reduced model to locate low contrast inclusions in poroelastic media” Applied Mathematical Modellingg 56 (2018) 469–486. https://doi.org/10.1016/j.apm.2017.12.022. 2018. Citado por 0

J. Sotelo, L. Dux-Santoy, A. Guala, J. Rodríguez-Palomares, A. Evangelista, C. Sing-Long, J. Urbina, J. Mura, D. Hurtado, S. Uribe. “3D axial and circumferential wall shear stress from 4D flow MRI data using a finite element method and a laplacian approach”. Magnetic resonance in medicine. Vol 79(5), 2816–2823., 2018. Citado por: 0

J. Sotelo, J. Urbina, I. Valverde, J. Mura, C. Tejos, P. Irarrazaval, M. Andia, D. Hurtado, S. Uribe. “Three-dimensional quantification of vorticity and helicity from 3d cine Pc-mri using finite-element interpolations”. Magnetic resonance in medicine. Vol 79(1), 541–553., 2018. 10.1002/mrm.26687. Citado por 2

2017

Julio Sotelo, Lydia Dux-Santoy, Andrea Guala, Jose Rodríguez-Palomares, Arturo Evangelista, Carlos Sing-Long, Jesus Urbina, Joaquin Mura, Daniel Hurtado, Sergio Uribe. "Three-dimensional Axial and Circumferential WSS from 4D Flow MRI data using a finite element method and a Laplacian approach". Magnetic Resonance in Medicine,  2017 Oct 4. doi: 10.1002/mrm.26927

Julio Sotelo, Jesús Urbina, Israel Valverde, Joaquín Mura, Cristián Tejos, Pablo Irarrazaval, Marcelo E. Andia, Daniel E. Hurtado, Sergio Uribe. “3D quantification of Vorticity and Helicity from 3D cine PC- MRI using finite element interpolations”. Magnetic Resonance in Medicine 2017, In Press. DOI: 10.1002/mrm.26687. Citado por 0

2016

Mura J, Sotelo J, Pino M, Tejos C, Irarrázaval P, Andía ME, Valverde I, Uribe S. “Enchancing the velocity data from 4D MR images by reducing its divergence”. IEEE xplore. May 2016. DOI:10.1109/TMI.2016.2570010. Citado por 0.
J. Mura, A. Caiazzo “A two-scale homogenization approach for the estimation of porosity in elastic media”, por aparecer en SEMA-SMAI Springer collection.
S. Gutiérrez, J. Mura. “Shape optimization for a seepage problem with low contrast core”, Applied Mathematical Modelling, Vol. 40 pp.1825–1835 (2016)

2014

A. Caiazzo, J. Mura. “Multiscale modeling of weakly compressible elastic materials in harmonic regime and applications to microscale
structure estimation”. SIAM Multiscale Model. Simul., Vol. 12(2), pp.514–537 (2014).

2011

J. Mura, S. Gutiérrez. “Detection of inclusions in elasticity using small amplitude homogenization”. Inverse Problems in Science and Engineering,
Vol. 19 no.2, pp.233–250 (2011).

2010

S. Gutiérrez, J. Mura. “An adaptive procedure for Inverse Problems in Elasticity”. Comptes Rendus Mécanique, Vol. 338 no.7-8, pp.402–411 (2010).

2008

S. Gutiérrez, J. Mura. “Small amplitude homogenization applied to inverse problems”. Computational Mechanics, Vol. 41, pp. 699–706 (2008).

2001

M. C. Depassier, J. Mura. “Variational Approach to a class of Nonlinear Oscilators with several limit cycles”. Physical Review E, Vol. 64, issue 5,
pp. 1–7 (2001).

ARTÍCULOS EN CONFERENCIAS
2018 (9)

Hernán Mella , Joaquin Mura , Julio Sotelo , and Sergio Uribe “Left Ventricle 2D and 3D Strain Phantoms Generation Using a Python Finite Element-based Library” 26th International Conference of the ISMRM Paris, Francia. Jun. 16-21  https://www.ismrm.org 2018

 

Julio Sotelo, Animesh Tandon, Andrew Tran, Joaquín Mura, Daniel E. Hurtado, Tarique Hussain, Sergio Uribe 3D Hemodynamics Characterization in patients with Hypercholesterolemia using 4D flow data and A finite element method 26th International Conference of the ISMRM Paris, Francia. Jun. 16-21  https://www.ismrm.org 2018

Julio Sotelo, Lydia Dux-Santoy, Andrea Guala, Aroa Ruiz-Muñoz, Arturo Evangelista, Joaquín Mura, Daniel E. Hurtado, José Rodríguez-Palomares, Sergio Uribe “Comprenhensive analysis of Hemodynamics parameters in patients with bicuspid aortic valve using 4D flow data and a finite element method” 26th International Conference of the ISMRM Paris, Francia. Jun. 16-21  https://www.ismrm.org 2018

Julio Sotelo, Andrea Guala, Lydia Dux-Santoy, Aroa Ruiz-Muñoz, José Rodríguez-Palomares, Arturo Evangelista, Cristian Tejos, Joaquín Mura, Daniel E. Hurtado, Sergio Uribe “Geometrical Characterization of Marfan and Bicuspid Aortic Valve Patients Using Finite Eelement Methods” 26th International Conference of the ISMRM Paris, Francia. Jun. 16-21  https://www.ismrm.org 2018

Gabriel Varela-Mattatall, Carlos Castillo-Passi, Joaquin Mura, Pablo Irrarazaval. “Improved diffusion propagator reconstruction usgin Hermite functions and compressed sensing”. ISMRM 26th annual Meeting, Paris, Francia, 2018. p. 3019

Joaquín Mura, Julio Sotelo, Animesh Tandon, Tarique Hussain, Andrew Tran, Cristián Tejos, Sergio Uribe “Local Pulse Wave Velocity from 4D-Flow MR applied in Familial Hypercholesterolemia patients” Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB 2018, 16-21 Jun, Paris, Francia. https://www.ismrm.org/18m/

Joaquín Mura, Jürgen Braun, Ingolf Sack, Eric Barnhill “Finite Volume-Based Elasticity Recovery for Magnetic Resonance Elastography: Theory and Initial Results” Joint Annual Meeting ISMRM-ESMRMB 2018, 16-21 June, Paris, France. https://www.ismrm.org/18m/

Pamela Franco, Julio Sotelo, Bram Ruijsink, David Nordsletten, Eric Kerfoot, Joaquín Mura, Daniel Hurtado, Sergio Uribe “Comprehensive 3D flow characterization in patients with Dilated Cardiomyopathy from 4D flow MRI data using a finite element method and 17 – Segment Bullseyes”  Oral Presentation Velocity & Flow  8:15 10:15, Jun 20, 2018. ISMRM annual meeting, Jun 16-21th, Paris, Francia. https://www.ismrm.org/18m/program-at-a-glance/

Pamela Franco, Julio Sotelo, Bram Ruijsink, David Nordsletten, Eric Kerfoot, Joaquín Mura, Daniel Hurtado, Sergio Uribe “Comprehensive 3D flow characterization in patients with Dilated Cardiomyopathy from 4D flow MRI data using a finite element method and 17 – Segment Bullseyes” Poster 302  10:15 11:00, Feb 03, 2017.  5th Edition CMR 2018, Barcelona, España, Ene 31 – Feb 3, http://cmr2018.org/

2017

Joaquin Mura,"An automatic method to estimate 3D Pulse Wave Velocity from 4D-flow MRI data", Seminar Numerische Mathematik, Weierstrass Institute, Berlin (https://www.wias-berlin.de/research/rgs/fg3/numsem/seminars.jsp).

Joaquin Mura,"A reduced model to detect low contrast inclusions in poroelastic media", Seventh International Conference on Multiscale Modelling and Methods: Upscaling in Engineering and Medicine.

Joaquin Mura,"MRI + 4D-Flow: A noninvasive tool for hemodynamics analysis". Symposium on Cardiovascular and Respiratory Regulation: A multidisciplinary perspective. Pontificia Universidad Católica de Chile

Pamela Franco, Julio Sotelo, Joaquín Mura, Daniel Hurtado, Sergio Uribe "Caracterización del flojo 4D obtenido por Resonancia Magnética mediante el uso de elementos finitos: aplicado a pacientes con miocardiopatía dilatada"  LIV° Congreso Chileno de Cardiología y Cirugía Vascular, 2017 Santiago, Chile. Dic.1 http://www.sochicar.cl/index.php 2017

Julio Sotelo, Lydia Dux-Santoy, Andrea Guala, José Rodríguez-Palomares, Arturo Evangelista, Joaquín Mura, Daniel Hurtado, Sergio Uribe. "Descomposición tridimensional de la tensión de corte en pacientes con válvula bicúspide usando datos de flujo 4D obtenidos por resonancia magnética y un enfoque laplaciano basado en elementos finitos" . XVI Jornada de Mecánica Computacional La Serena, oct. http://www.scmc.cl/index.php/joomlaspanishorg/78-noticias/88-jmc2017 2017

Pamela Franco, Julio Sotelo, Bram Ruijsink, David Nordsletten, Eric Kerfoot, Joaquín Mura, Daniel Hurtado y Sergio Uribe "Caracterización del flujo 4D obtenido por resonancia magnética en pacientes con miocardiopatía dilatada y el uso de elementos finitos". XVI Jornada de Mecánica Computacional La Serena, oct. http://www.scmc.cl/index.php/joomlaspanishorg/78-noticias/88-jmc2017 2017

Hernán Mella, Joaquín Mura, Julio Sotelo, Cristian Montalba y Sergio Uribe "Estimación de deformaciones en el ventrículo izquierdo usando imágenes de flujo" . XVI Jornada de Mecánica Computacional La Serena, oct. http://www.scmc.cl/index.php/joomlaspanishorg/78-noticias/88-jmc2017 2017

Joaquín Mura, Julio Sotelo, Hernán Mella, Pamela Franco, Sergio Uribe "Estimación semi-automática de velocidad de onda en arterias mediante 4DFlow MRI" . XVI Jornada de Mecánica Computacional La Serena, oct. http://www.scmc.cl/index.php/joomlaspanishorg/78-noticias/88-jmc2017 2017

Pamela Franco, Julio Sotelo, Bram Ruijsink, David Nordsletten, Eric Kerfoot, Joaquín Mura, Daniel Hurtado, Sergio Uribe. “Comprehensive 3D flow characterization in patients with Dilated Cardiomyopathy (DCM) from 4D flow MRI data using a finite element method and 17-Segment Bullseyes”. ISMRM Workshop on Magnetic Resonance Imaging of Cardiac Function, NYC, USA, Ago 2017. http://www.ismrm.org/workshops/Cardiac17/

Hernán Mella, Joquín Mura, Julio Sotelo, Cristian Montalba, Sergio Uribe “Left Ventricle Strain Estimation using flow data” Poster 200 Cardiovascular 8:15 10:15, Abril 27, 2017. ISMRM annual meeting, Abril 22-27th, Honolulú, USA. http://www.ismrm.org/17/17program.htm

Joaquin Mura, Julio Sotelo, Cristian Montalba, Bram Ruijsink, David Nordsletten, Reza Razavi, Pablo Irarrazaval, Cristian Tejos, Marcelo Andia,  Sergio Uribe “An automatic method to estimate 3D Pulse Wave Velocity from 4D-Flow MRI data” Poster 200 Cardiovascular 8:15 10:15  Abril 27, 2017. ISMRM annual meeting, Abril 22-27th, Honolulú, USA. http://www.ismrm.org/17/17program.htm

Julio Sotelo,  Jesús Urbina, Bram Ruijsink, David Nordsletten, Joaquín Mura, Reza Razavi, Daniel Hurtado, Sergio Uribe “Tridimensional Axial and Circumferential WSS from 4D Flow data using a finite element method and a Laplacian approach” Oral 200 Cardiovascular 15:30 17:30 Abril 27, 2017. ISMRM annual meeting, Abril 22-27th, Honolulú, USA. http://www.ismrm.org/17/17program.htm

2015

“Un modelo reducido para detectar inclusiones de bajo contraste en medios poroelásticos” Encuentro de Elasticidad no lineal, Homogeneización y Fractura. Pontificia Universidad Católica de Chile, 23-24 de junio de 2015.

“Numerical simulation of the FSI in stented aneurysms” Semaine d’analyse numérique de Besançon. 15-19 de junio 2015.

“A two-scale homogenization approach for the estimation of porosity in elastic media” XXIV CEDYA/ XIV CMA Cádiz, España. 8-12 de junio de 2015.

“Un modelo multi-escala basado en homogeneización para la estimación de porosidades”. Jornada de Ingeniería Biomédica CMM - FCFM Universidad de Chile. 4 de junio de 2015.

2014

“Estimación de un parámetro microestructural en tejidos vivos”. Seminario en departamento de Ingeniería Matemática, Pontificia Universidad Católica de Chile. 9 de Septiembre de 2014.

“Porosity estimation in weakly compressible materials”. Seminario en departamento de Ingeniería Biomédica, King’s College of London. 28 de Julio de 2014.

“Identification of low-contrast inclusions in poroelastic materials”. 11th World Congress on Computational Mechanics (WCCM XI), Barcelona, España. 21–25 de Julio 2014.

“Un problema inverso para la detección de inclusiones de bajo contraste en medios poroelásticos”. Seminario de EDP, Facultad de Matemáticas, Pontificia Universidad Católica de Chile, 16 de Mayo 2014.

“An inverse problem for fully-saturated poroelastic materials”. Valparaiso’s Mathematics and its applications days, Institute of Mathematics, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile. 9-10 de Enero, 2014.

2013

“Un problema inverso para la estimación de la porosidad en un medio incompresible con microburbujas”. Encuentro anual SOMACHI, Olmué, Chile. 7–9 de Noviembre, 2013.

“Detection of weak inclusions in poroelastic soils using Small Amplitude Homogenization”. SCICADE 2013, Valladolid, España. 16-20 de Septiembre.

2012

“Un modelo para la estimación de parámetros en tejidos incompresibles con inclusiones gaseosas”. XI Jornadas de Mecánica Computacional, Universidad Federico Santa María, Chile. 4–5 de Octubre, 2012.

“Shape optimization for a seepage problem using Small Amplitude homogenization”. EngOpt 2012, 3rd International Conference on Engineering Optimization, Rio de Janeiro, Brasil, 1–5 de Julio, 2012.

“On some applications of small amplitude homogenization in elasticity”. Numerical Analysis seminar, Weierstrass Institute, Berlín, Alemania. 12 de Junio, 2012.

“Modelación y Simulación de la Interacción Fluido-Estructura en el Sistema Cardiovascular: Una visión en torno a algunos problemas, modelos y métodos”. Seminario de Ingeniería Civil en Valparaíso. 11 de Abril, 2012.

2011

“Modelación y Simulación Computacional de la Interacción Fluido-Estructura de Stents en Aneurismas”. X Jornadas de Mecánica Computacional, Pontificia Universidad Católica de Chile, 13–14 de Octubre, 2011.

2010

“Numerical simulation of the Fluid-Structure Interaction in stented aneurysms”. (JM, M.A. Fernández y J-F. Gerbeau). V European Conference on Computational Fluid Dynamics ECCOMAS CFD 2010, Lisbon, Portugal. 14–17 de Junio, 2010.

“Numerical simulation of the Fluid-Structure Interaction in stented aneurysms”. Rencontre scientifique du Groupes de Recherche (GDR): Interaction Fluide Structure Biologique, Université de Technologie de Compiègne, France. 3–4 de Junio, 2010.

2008

“Diseño óptimo de estructuras usando homogeneización de pequeña amplitud”. VI Jornadas de Mecánica Computacional. School of Civil Engineering, UC, Chile. 5 de Septiembre, 2008.

“Localization of Inclusions in Elastic Solids: An approach with Shape Sensitivity Analysis and Level-set Method”. EngOpt2008: International Conference on Engineering Optimization, Rio de Janeiro, Brasil. 1–5 de Junio, 2008.

“Small Amplitude Homogenization Applied to Inverse Problems in Linerized Elasticity”. EngOpt2008: International Conference on Engineering Optimization, Rio de Janeiro, Brasil. 1–5 Junio, 2008.

2007

“Problemas Inversos usando Homogeneización”. Seminario de Ingeniería Estructural y Geotécnica PUC. 2007.

“Problemas Inversos en Elasticidad mediante Homogeneización de Pequeña Amplitud”. Puerto Matemático 2007. Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, 2007.